​​​​​​מוזאון "עקבות בעמק" הוא מרכז חינוכי פעיל הכולל אגף ארכיאולוגיה אזורית וים תיכונית, ואגף מורשת "חומה ומגדל"​. המוזאון נמצא בתחומי גן השלושה (הסחנה) משני עברי הנחל. שני האגפים גם יחד עוסקים בחקר ותיעוד של העקבות והסימנים שהשאירו לנו התושבים, העוברים והכובשים הזרים בעמק בית שאן מקדמת דנא ועד ימינו.