מערך האוספים מאגד תחתיו את אגף הארכיונים, אגף המוזיאונים, משכן האוספים ויחידות כפופות נוספות. מטרתו
לאסוף, לאגד ולשמר חומר תיעודי אודות תקופת השואה ואירועיה, להנגיש לקהל את אוספי יד ושם על המידע והידע
המגולם בהם ולקדם את חשיפתם והצגתם לציבור.
אגף הארכיונים מופקד על איסוף תיעוד והעתקי תיעוד מגורמים שונים בארץ ובעולם לצורך העשרת האוסף
(מסמכים, תצלומים וסרטי תיעוד מתקופת השואה), גביית עדויות מניצולי שואה, קטלוג כלל התיעוד הארכיוני
המתקבל אל אוספי יד ושם, הנגשתו למיליוני משתמשים בארץ ובעולם ומתן שירותי יעץ לקהל וניהול הקשר עם
משתמשים ביחס לאוספים השונים. אוספי הארכיון הם הגדולים מסוגם בעולם, והם מהווים נדבך משמעותי בתשתית
המחקר והידע אודות השואה וגורל היהודים בשואה. החתירה להעשרת האוסף הארכיוני, קטלוגו המהימן והנגשתו
הנרחבת לקהל מהווים את ליבת העשייה והפעולה של אגף הארכיונים, והם שמאפשרים את היותו בסיס ידע נרחב
המשרת את פעילותן של יחידות יד ושם השונות, את קהל החוקרים והציבור הרחב. ארכיון יד ושם משולב
בפרויקטים בינ"ל רבים והוא חלק פעיל ומוביל בשיח העולמי בנושא הנגשת תיעוד היסטורי מתקופת השואה. פעילות
הארכיון מתבצעת בסביבה ממוחשבת העושה שימוש בטכנולוגיות מתקדמות לטובת קטלוג והנגשה.
מתוקף תחומי אחריותו הרבים של ארכיון יד ושם וממשקי הפעולה הרבים והמורכבים שהוא מקיים בארץ ובעולם,
בראשו יעמוד איש מקצוע בעל שיעור קומה וניסיון ניהולי מוכח.
תחומי אחריות:
 אחריות כוללת למדיניות ולתהליכי העבודה במכלול תחומי האחריות של מחלקות האגף – העשרת האוסף
הארכיוני, קטלוגו והנגשתו לקהל בדרכים שונות – ואחריות כוללת לתהליכי התכנון וההערכה האסטרטגיים,
המתודולוגיים והמקצועיים של האגף.
 קידום תהליכי חדשנות טכנולוגית בתחום ניהול המידע תוך שותפות ותיאום הדוקים עם אגף חדשנות
וטכנולוגיות מידע, לרבות קידום שימוש בכלים מתקדמים, זיהוי ואפיון יישומים טכנולוגיים נדרשים לטובת ייעול
תהליכי העבודה ושיפור הנגשת האוספים הארכיוניים.
 חקר ולימוד מתמשכים של תחום התיעוד הארכיוני של תקופת השואה ברחבי העולם: התעדכנות מתמדת
במתודולוגיות, תהליכי חשיבה ומדיניות ארכיוניים; זיהוי מגמות, תהליכים וקידום פרויקטים ויוזמות פורצי דרך;
המלצה על כיווני פעולה רצויים; הטמעת תהליכי חדשנות בתחום.

 שותפות בתהליכים, פרויקטים קידום שותפות וממשקי עבודה מיטביים עם מכלול יחידות מערך האוספים, לרבות
שותפות בתכנון ויישום תהליכי עבודה וממשקי פעולה במערך האוספים, שותפות בפרויקטים בין-
אגפיים/יחידתיים.
 הובלת קשרי אגף הארכיונים עם אגפי יד ושם ותיאום הפעילות עמם לטובת קידום פרויקטים מחקריים,
מוזיאליים, חינוכיים והנצחתיים.
 הובלת וטיפוח מערך הקשרים של הארכיון עם מוסדות, מומחים וגורמים מקבילים בארץ ובעולם; ייזום והובלת
פרויקטים משותפים לארכיון ולגורמים נוספים בארץ ובחו"ל; ייצוג הארכיון בכנסים, בפורומים מקצועיים ובפני
גורמים מקבילים בארץ ובעולם.
 ניהול צוות האגף תוך קביעת יעדים, הנחיה, ליווי ובקרת ביצוע.
 תכנון תכנית העבודה השנתית של האגף ובקרת יישומה.
 בניית, תכנון וניהול תקציב האגף ואחריות לבקרת ניצולו.
 כתיבת הצעות למימון והגשת דיווחי ביצוע לקרנות וגורמי מימון.